Package: bGMYC4 4.1.6

Dmitry Karabanov

bGMYC4: Bayesian General Mixed Yule-Coalescent Model for Species Delimitation

Implements a Bayesian version of the general mixed Yule-coalescent model for species delimitation. It uses Markov Chain Monte Carlo simulation to evaluate the posterior distribution of the model and supports flexible prior specification on model parameters.

Authors:Noah Reid [aut, cph], Dmitry Karabanov [aut, cre]

bGMYC4_4.1.6.tar.gz
bGMYC4_4.1.6.zip(r-4.7-any)bGMYC4_4.1.6.zip(r-4.6-any)bGMYC4_4.1.6.zip(r-4.5-any)
bGMYC4_4.1.6.tgz(r-4.6-any)bGMYC4_4.1.6.tgz(r-4.5-any)
bGMYC4_4.1.6.tar.gz(r-4.7-any)bGMYC4_4.1.6.tar.gz(r-4.6-any)
bGMYC4_4.1.6.tgz(r-4.6-emscripten)
manual.pdf |manual.html✨
DESCRIPTION
card.svg |card.png
bGMYC4/json (API)

# Install 'bGMYC4' in R:
install.packages('bGMYC4', repos = c('https://dmitrykarabanov.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Bug tracker:https://github.com/dmitrykarabanov/bgmyc4/issues

Datasets:
  • east10 - 10 trees sampled from a posterior distribution. based on simulated data.

On CRAN:

Conda:

5.04 score 377 downloads 15 exports 11 dependencies

Last updated from:cc6a240a1a. Checks:7 NOTE, 2 OK. Indexed: yes.

TargetResultTimeFilesSyslog
linux-develNOTE160
source / vignettesOK212
linux-releaseNOTE145
macos-releaseNOTE166
macos-oldrelNOTE231
windows-develNOTE96
windows-releaseNOTE77
windows-oldrelNOTE95
wasm-releaseOK140

Exports:bgmyc.dataprepbgmyc.gibbsbgmyc.likbgmyc.multiphylobgmyc.pointbgmyc.priorbgmyc.singlephybgmyc.speccheckratesplot.bgmycprobmatplot.bgmycratesplot.interactive.probmatplot.multibgmycplot.singlebgmycspec.probmat

Dependencies:apecodetoolsdigestfuturefuture.applyglobalslatticelistenvnlmeparallellyRcpp

bGMYC4 Interactive Workflow
🌍 Introduction / Введение | EN: This vignette documents the complete interactive workflow for Bayesian species delimitation using bGMYC4. It guides you through data selection, tree preprocessing (BEAST2 annotations), interactive MCMC diagnostics with parameter auto-tuning, multi-tree uncertainty pooling via parallel computing, and custom interactive visualization.RU: Эта виньетка описывает полный интерактивный рабочий процесс байесовской делимитации видов с помощью bGMYC4. Она проведёт вас через выбор данных, предобработку деревьев (аннотации BEAST2), интерактивную диагностику MCMC с автонастройкой параметров, усреднение филогенетической неопределённости через параллельные вычисления и кастомную интерактивную визуализацию. | 1. Setup & Helper Functions / Настройка окружения и вспомогательные функции | 2. Data Selection & Tree Preprocessing / Выбор данных и предобработка деревьев | 3. Interactive Diagnostics & Parameter Tuning / Интерактивная диагностика и настройка | 4. Multi-Tree Analysis / Многодеревный анализ | 5. Custom Interactive Visualization / Кастомная визуализация (Plotly) | 6. Delimitation & Export / Делимитация и экспорт | ⚡ Performance & Export / Производительность и экспорт | EN: bgmyc.multiphylo() automatically parallelizes across physical CPU cores. To limit cores (e.g., to 6), run before analysis: options(mc.cores = 6).RU: bgmyc.multiphylo() автоматически использует все физические ядра. Чтобы ограничить число ядер (например, до 6), выполните перед запуском: options(mc.cores = 6). | 📊 Parameter Reference Guide / Справочник по параметрам | 🔍 Convergence Diagnostics Guide / Руководство по диагностике сходимости | 📎 Notes for CRAN & Local Use / Примечания для CRAN и локального запуска
Rendered frombGMYC4-interactive.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2026-07-27
Started: 2026-05-06

bGMYC4: Package Overview
Overview | Main functions | Vignettes | References
Rendered fromindex.Rmdusingknitr::rmarkdown

Last update: 2026-07-27
Started: 2026-07-27