bGMYC4 Interactive Workflow3 months ago
🌍 Introduction / Введение | EN: This vignette documents the complete interactive workflow for Bayesian species delimitation using bGMYC4. It guides you through data selection, tree preprocessing (BEAST2 annotations), interactive MCMC diagnostics with parameter auto-tuning, multi-tree uncertainty pooling via parallel computing, and custom interactive visualization.RU: Эта виньетка описывает полный интерактивный рабочий процесс байесовской делимитации видов с помощью bGMYC4. Она проведёт вас через выбор данных, предобработку деревьев (аннотации BEAST2), интерактивную диагностику MCMC с автонастройкой параметров, усреднение филогенетической неопределённости через параллельные вычисления и кастомную интерактивную визуализацию. | 1. Setup & Helper Functions / Настройка окружения и вспомогательные функции | 2. Data Selection & Tree Preprocessing / Выбор данных и предобработка деревьев | 3. Interactive Diagnostics & Parameter Tuning / Интерактивная диагностика и настройка | 4. Multi-Tree Analysis / Многодеревный анализ | 5. Custom Interactive Visualization / Кастомная визуализация (Plotly) | 6. Delimitation & Export / Делимитация и экспорт | ⚡ Performance & Export / Производительность и экспорт | EN: bgmyc.multiphylo() automatically parallelizes across physical CPU cores. To limit cores (e.g., to 6), run before analysis: options(mc.cores = 6).RU: bgmyc.multiphylo() автоматически использует все физические ядра. Чтобы ограничить число ядер (например, до 6), выполните перед запуском: options(mc.cores = 6). | 📊 Parameter Reference Guide / Справочник по параметрам | 🔍 Convergence Diagnostics Guide / Руководство по диагностике сходимости | 📎 Notes for CRAN & Local Use / Примечания для CRAN и локального запуска